Tidak hanya di luar negeri terjadi kasus orang hilang atau pun peristiwa yang tetap menjadi misteri baik itu motif, atau pun siapa pelaku atas berbagai kasus-kasus yang menjadi misteri dan tak terpecahkan (sengaja ditutupi) hingga kini.Berikut dibawah ini adalah beberapa kasus besar di Indonesia yang hingga kini tetap masih menjadi misteri dan belum tuntas penyelesaiannya baik secara hukum maupun keberadaan fisik ataupun siapa pelaku sebenarnya.
1. Kasus Sum Kuning (1970)
2. Menghilangnya 13 Aktifis menjelang Reformasi
Pembacaan putusan pengadilan Mahkamah Militer Tinggi (Mahmilti) II Jakarta dengan nomor perkara PUT. 25 – 16 / K- AD / MMT – II/ IV/ 1999. Isi dari keputusan pengadilan menyatakan ;No Nama Terdakwa Vonis / Hukuman1 Mayor (Inf) Bambang Kristiono 22 bulan / dipecat, 2 Kapten (Inf) F.S Multhazar 20 bulan / dipecat, 3 Kapten (Inf) Nugroho Sulistyo 20 bulan / dipecat, 4 Kapten (Inf) Yulius Stevanus 20 bulan / dipecat, 5 Kapten (Inf) Untung Budi Harto 20 bulan / dipecat, 6 Kapten (Inf) Dadang Hendra Yuda 16 bulan / dipecat, 7 Kapten (Inf) Djaka Budi Utama 16 bulan / dipecat, 8 Kapten (Inf) Fauka Noor Farid 16 bulan / dipecat, 9 Sersan Kepala Sunaryo 12 bulan / dipecat, 10 Sersan Kepala Sigit Sugianto 12 bulan / dipecat, 11 Sersan Satu Sukadi 12 bulan / dipecatNamun proses pengadilan tersebut tetap saja tidak memberikan kepastian dimanakah mereka menahan para aktivis tersebut dan jika sudah meninggal dimanakah mereka menguburkan atau membuang mayat ke-13 aktivis yang hilang tersebut.
3. Penembak Misterius (Petrus) 1982-1985.
4. Kasus Kematian Peragawati Terkenal Dietje
5. Kasus Pembunuhan Udin
6. Kasus Marsinah
7. Kasus Menghilangnya Edy Tansil
8. Kasus Munir